Stankar medita il suicidio per lavare il disonore, ma, saputo da Jorg che Raffaele è tornato al castello, pregusta la vendetta. Nel frattempo, Stiffelio chiede al rivale cosa farebbe se Lina non fosse sposata e (dopo averlo fatto entrare nella stanza accanto alla sua) lo invita ad ascoltare il suo colloquio con la moglie, alla quale offre il divorzio. Lina supplica il marito di ripensarci, ma Stiffelio è irremovibile. La donna firma il documento in lacrime e, pur ammettendo il tradimento, sostiene di non avere mai smesso di amarlo. Dalla stanza vicina esce Stankar, con la spada insanguinata: ha ucciso Raffaele. In preda allo strazio, Stiffelio si appresta a celebrare il servizio liturgico e Jorg gli raccomanda di lasciarsi ispirare dalle Sacre Scritture. Sul pulpito, Stiffelio apre il Vangelo di Giovanni e legge l’episodio in cui Gesù perdona l’adultera, dichiarando così pubblicamente di aver fatto lo stesso con Lina.